Muzej Đakovštine osnovan je u prosincu 1951. godine. Prvobitno je smješten u secesijskoj zgradi u današnjoj Ulici bana Jelačića, a već 1952. godine otvoren je prvi stalni postav te su oformljene i arheološka, etnografska, kulturno-povijesna, numizmatička i zbirka umjetnina. Uz knjižnicu i fototeku, spomenute zbirke sve do danas su okosnica respektabilnog muzejskog fundusa od nekoliko desetaka tisuća predmeta.
Nakon nekoliko mijenjanja prostora, 2002. godine Muzej se seli u današnji prostor, u Ulici Ante Starčevića 34, a razdijeljen je na stalni muzejski postav (arheologija, povijest, etnologija) koji se nalazi u prizemlju i dijelu prvog kata, višenamjensku izložbenu dvoranu na katu, koja je trenutno glavni nositelj svekolike aktivnosti Muzeja (izložbe, radionice, promocije knjiga, koncerti, predavanja…) te uredske prostorije. U dvorištu Muzeja 2015. godine dovršena je izgradnja novog objekta u kojega su preseljeni depoi i muzejska knjižnica. Muzej je time dobio adekvatan prostor za čuvanje građe u kontroliranim mikroklimatskim uvjetima, kao i ostale neophodne uvjete nužne za nesmetani razvoj muzejske struke.